V čele fakulty stojí děkan, který jedná a rozhoduje ve věcech fakulty (Statut fakulty, část II.).
prof. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D.
Děkan fakulty
Proděkani
Děkana zastupují v jím určeném rozsahu proděkani, které jmenuje a odvolává (viz Statut fakulty, část II.):
prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D.
Proděkan pro vnější a mezinárodní vztahy fakulty
prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D.
Proděkan pro bakalářské a navazující magisterské studium a studium v angličtině
doc. PharmDr. Jaroslav Roh, Ph.D.
Proděkan pro vědeckou činnost, doktorské studium a transfer technologií
prof. RNDr. Petr Solich, CSc.
Proděkan pro vnitřní záležitosti, evropské projekty a strategický rozvoj fakulty
Zástupce děkana v době nepřítomnosti
prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D.
Proděkan pro studijní záležitosti
Kolegium děkana
Kolegium děkana je stálým poradním orgánem děkana (viz Statut fakulty, část II.). Členy kolegia děkana jsou proděkani a tajemník.
Děkani v historii fakulty
| 1969 - 1990: |
|
prof. RNDr. Dr.h.c. Jaroslav Květina, DrSc. |
| 1990 - 1994: |
|
doc. RNDr. Vladimír Semecký, CSc. |
| 1994 - 1997: |
|
prof. RNDr. Luděk Jahodář, CSc. |
| 1997 - 2000: |
|
prof. RNDr. Eva Kvasničková, CSc. |
| 2000 - 2006: |
|
doc. RNDr. Jaroslav Dušek, CSc. |
| 2006 - 2014 |
|
prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc. |