V čele fakulty stojí děkan, který jedná a rozhoduje ve věcech fakulty (Statut fakulty, část II., čl. 9).
doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D.
Děkan fakulty
Proděkani
Děkana zastupují v jím určeném rozsahu proděkani, které jmenuje a odvolává (viz Statut fakulty, část II., čl. 10):
prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc.
Proděkan pro vnější vztahy fakulty a transfer technologií
statutární zástupce děkana
prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D.
Proděkan pro mezinárodní vztahy fakulty, studium v angličtině a studium Zdravotnické bioanalytiky
prof. RNDr. Petr Solich, CSc.
Proděkan pro vnitřní záležitosti, evropské fondy a strategický rozvoj fakulty
prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D.
Proděkan pro studijní záležitosti
prof. Ing. Vladimír Wsól, Ph.D.
Proděkan pro vědeckou činnost, doktorské studium a akademické kvalifikace
Kolegium děkana
Kolegium děkana je stálým poradním orgánem děkana (viz Statut fakulty, část II., čl. 14). Členy kolegia děkana jsou proděkani a tajemník.
Děkani v historii fakulty
| 1969 - 1990: |
|
prof. RNDr. Dr.h.c. Jaroslav Květina, DrSc. |
| 1990 - 1994: |
|
doc. RNDr. Vladimír Semecký, CSc. |
| 1994 - 1997: |
|
prof. RNDr. Luděk Jahodář, CSc. |
| 1997 - 2000: |
|
prof. RNDr. Eva Kvasničková, CSc. |
| 2000 - 2006: |
|
doc. RNDr. Jaroslav Dušek, CSc. |
| 2006 - 2014 |
|
prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc. |