V rámci organizačního členění fakulty jsou zřizovány tzv. útvary.
Centrum informačních technologií
Centrum informačních technologií je účelovým pracovištěm farmaceutické fakulty, které zabezpečuje plynulý chod informačního systému, počítačové sítě fakulty a informačního portálu fakulty. Dále zajišťuje odborná školení zaměstnanců, provoz vstupního a kamerového systému, provoz počítačových učeben, audiovizuální techniku a bezdrátovou síť (projekt eduroam).
Útvar interního auditu
Interní audit je nezávislá, objektivní, ujišťovací a konzultační činnost zaměřená na přidanou hodnotu a zlepšení provozu fakulty.