Vědecká rada Farmaceutické fakulty UK je samosprávným akademickým orgánem fakulty, který se podílí na rozvoji její vzdělávací, vědecké a výzkumné činnosti.
Projednává a schvaluje otázky spojené s vědeckou a pedagogickou činností fakulty, zejména akreditace studijních programů, habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem, či strategické směřování fakulty v oblasti vědy a výzkumu.
Děkan při sestavování Vědecké rady dbá, aby byli zastoupeni významní odborníci z hlavních oblastí vzdělávání a vědních oborů rozvíjených na fakultě, a to jak z Farmaceutické fakulty UK, tak z dalších akademických a odborných institucí. Děkan zpravidla do tří měsíců po svém jmenování předloží senátu návrh na odvolání a jmenování členů vědecké rady.
Vědecká rada se vyjadřuje k zásadním otázkám rozvoje fakulty a svou činností přispívá k udržování vysoké úrovně vzdělávací a tvůrčí činnosti Farmaceutické fakulty UK v souladu se zákonem o vysokých školách a vnitřními předpisy Univerzity Karlovy.