V čele fakulty stojí děkan, který jedná a rozhoduje ve věcech fakulty (Statut fakulty, část II.).
doc. PharmDr. Jaroslav Roh, Ph.D.
Děkan fakulty
prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D.
Proděkan pro vnitřní záležitosti, projektovou činnost a strategický rozvoj fakulty;
zástupce děkana v době nepřítomnosti
prof. PharmDr. Přemysl Mladěnka, Ph.D.
Proděkan pro studijní záležitosti a mezinárodní mobilitu
prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D.
Proděkan pro bakalářské a navazující magisterské studium a studium v angličtině
doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D.
Proděkan pro koncepci a kvalitu studia
prof. PharmDr. Kateřina Vávrová, Ph.D.
Proděkanka pro vědeckou činnost a doktorské studium
prof. PharmDr. Lucie Nováková, Ph.D.
Proděkanka pro vnější vztahy a PR fakulty
prof. PharmDr. Petr Zimčík, Ph.D.
Proděkan pro investiční a technický rozvoj fakulty
Kolegium děkana je stálým poradním orgánem děkana (viz Statut fakulty, část II.).
Členy kolegia děkana jsou proděkani a tajemník.
| 1969 - 1990: | prof. RNDr. Dr.h.c. Jaroslav Květina, DrSc. | |
| 1990 - 1994: | doc. RNDr. Vladimír Semecký, CSc. | |
| 1994 - 1997: | prof. RNDr. Luděk Jahodář, CSc. | |
| 1997 - 2000: | prof. RNDr. Eva Kvasničková, CSc. | |
| 2000 - 2006: | doc. RNDr. Jaroslav Dušek, CSc. | |
| 2006 - 2014 | prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc. | |
| 2014 - 2022 | prof. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. |