V září letošního roku byl v prestižním časopise Nucleic Acids Research (D1, IF=19,2; AIS=5,5) publikován článek výzkumné skupiny Azaphthalocyanine group, zabývající se stabilizací krátkých DNA sond pod názvem: Thermal stabilisation of the short DNA duplexes by acridine-4-carboxamide derivatives.
Hlavním autorem publikace je student postgraduálního studia oboru Farmaceutické chemie Mgr. Filip Kostelanský, kterému se pod vedením prof. Zimčíka a doc. Miletína a ve spolupráci s biotechnologickou firmou Generi-Biotech povedlo sumarizovat 5letý výzkum vývoje nových DNA sond pro detekci bodových mutací. Na příkladu genu HFE (Homeostatic Iron Regulator), kde se vyskytují dva typy mutací (tzv. A a C mismatch) bylo prokázáno, že krátké sondy, které jsou stabilizovány vhodnými látkami, mohou sloužit velmi dobře k detekci těchto bodových mutací. Práce měla velmi komplexní charakter od návrhu struktury jednotlivých akridinů a optimalizaci jejich syntéz, přes rychlý screening jejich vlivu na změnu teploty tání DNA duplexu volně v roztoku, dále kovalentní uchycení vybraných účinných derivátů na krátké sondy pomocí „click“ chemie s následnou HPLC separací připravených oligodeoxynukleotidů až po analýzu křivek teplot tání po hybridizaci, detailní spektrální studium interakce se vzniklým duplexem DNA a PCR analýzu simulované DNA s oběma mutacemi. Přidanou hodnotou akridinů v této aplikaci, kromě stabilizace DNA duplexu, je dále jejich schopnost fluorescence, díky níž mohou v sondách zastoupit běžně používané fluorofory (např. fluorescein) a plnit tak dvojí roli.
Autor textu: prof. PharmDr.Petr Zimčík, Ph.D.
Autor fotografie: PharmDr. Jiří Demuth, Ph.D.
Grafika: Azaphthalocyanine group