Nedílnou součástí programu fakulty je její vědecko-výzkumná činnost ve vědních oborech farmaceutických a s farmacií souvisejících. Fakulta pravidelně získává pro realizaci výzkumných projektů řadu grantů.
Výzkumný záměr
Projekt na léta 2005 až 2011 vychází z dlouhodobého profilového záměru farmaceutické fakulty.
Vědecká rada
je nejdůležitější poradní orgán děkana fakulty v otázkách týkajících se základní koncepce vzdělávacích a výzkumných aktivit.
Vědecká řízení
Výzkum na katedrách
Přehled o dění ve vědecko-výzkumné oblasti na jednotlivých katedrách fakulty.
Výzkumné centrum
Centrum bylo založeno s finanční podporou Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (projekt č. 1M6138896301) na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR v r. 2005. Výzkum participujícího kolektivu z Farmaceutické fakulty je do Centra začleněn pod názvem Přírodní látky a transport léčiv.