Nedílnou součástí programu fakulty je její vědecko-výzkumná činnost ve vědních oborech farmaceutických a s farmacií souvisejících. Fakulta pravidelně získává pro realizaci výzkumných projektů řadu grantů.
Vývoj a studium léčiv
Připravovaný projekt v rámci Programů rozvoje výzkumných oblastí na UK (PRVOUK)
Vědecká rada
Při jmenování členů vědecké rady fakulty děkan dbá, aby v ní byly zastoupeny hlavní obory vědy a oblasti studia pěstované na fakultě.
Vědecká řízení
Archív