V rámci organizačního členění fakulty jsou zřizována tzv. střediska. V současné době jsou zřízena 3 střediska:
Středisko vědeckých a knihovnických informací
Středisko vědeckých a knihovnických informací (SVKI) je jedinečným střediskem informačních zdrojů z oboru farmacie v ČR. Zajišťuje všechny běžné knihovnické služby. Evidence celého fondu - cca 70 000 knih. jednotek - je automatizovaná, zdroje informací lze vyhledávat pomocí WWW katalogu.
Botanická zahrada léčivých rostlin
Botanická zahrada léčivých rostlin (BZLR) je účelovým zařízením farmaceutické fakulty, která zabezpečuje pěstování léčivých rostlin (LR) pro pedagogické a výzkumné účely.
České farmaceutické muzeum
České farmaceutické muzeum (ČFM) bylo zřízeno 1. 7. 1994 jako účelové zařízení Farmaceutické fakulty. Spravuje české farmaceuticko-historické sbírky, které vznikaly od konce 19. století a dosud se jim nedostalo podoby trvalé muzejní expozice.