V čele fakulty stojí děkan, který jedná a rozhoduje ve věcech fakulty. Děkan je do své funkce volen Akademickým senátem, jeho funkční období je čtyřleté (dříve tříleté). Funkce děkana není symbolická, ale jako hlava vedení fakulty nese společně s Akademickým senátem nejvyšší odpovědnost za prosperitu fakulty (viz Statut fakulty, část II., čl. 9).
Děkanem fakulty v současném období je
- Prof. PharmDr. Alexandr Hrabálek, CSc.
Proděkani
Děkana zastupují v jím určeném rozsahu proděkani, které jmenuje a odvolává (viz Statut fakulty, část II., čl. 10):
- Prof. PharmDr. Ing. Milan Lázníček, CSc.
Proděkan pro studijní a pedagogickou činnost
- PharmDr. Petr Jílek, CSc.
Proděkan pro bakalářské a navazující magisterské studium
- Doc. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D.
Proděkan pro vědeckou činnost
- Doc. RNDr. Miroslav Polášek, CSc.
Proděkan pro zahraniční činnost
- Doc. RNDr. Jaroslav Dušek, CSc.
Proděkan pro rozvoj fakulty
Kolegium děkana
Koelgium děkana je stálým poradním orgánem děkana (viz Statut fakulty, část II., čl. 14).