Samosprávu fakulty vykonávají členové akademické obce fakulty přímo nebo prostřednictvím samosprávných akademických orgánů. Dalším orgánem fakulty je tajemník.
Fakulta se člení na katedry a další pracoviště. Fakultní pracoviště zřizuje děkan po vyjádření vědecké rady fakulty a se souhlasem akademického senátu fakulty.
Akademický senát Děkan Vědecká rada fakulty Disciplinární komise Tajemník
Sekretariát děkanaStudijní odděleníVědecké odděleníZahraniční odděleníOddělení evropských fondů a transferu technologiíEkonomické odděleníOddělení personální, práce a mezdInvestiční oddělení Mzdová účtárnaTechnické a provozní odděleníBezpečnostní útvarPodatelna, spisovna, archív
Katedra biofyziky a fyzikální chemie Katedra anorganické a organické chemie Katedra analytické chemie Katedra biochemických věd Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Katedra farmaceutické technologie Katedra farmaceutické botaniky a ekologie Katedra biologických a lékařských věd Katedra farmakologie a toxikologie Katedra farmakognosie Katedra sociální a klinické farmacie Katedra tělesné výchovy
Oddělení odborné jazykové přípravyStředisko vědeckých a knihovnických informací Botanická zahrada léčivých rostlin České farmaceutické muzeum Útvar výpočetní techniky
Strukturu fakulty určuje Statut fakulty, část II. Organizace a orgány fakulty, akademické prostředí.